Deze burcht werd opgeslokt door de zee en is pas kort na de drooglegging van de Noordoostpolder teruggevonden. Het is toen archeologisch onderzocht en gedeeltelijk gereconstrueerd.

De stichting van het kasteel
De heerlijkheid Kuinre is ontstaan in de 12de eeuw, op de grens van Friesland en het Oversticht, dat in handen was van de bisschop van Utrecht. De heerlijkheid was ongeveer net zo groot als de huidige Noordoostpolder.

De burcht van Kuinre is eigenlijk de tweede burcht in een reeks van drie burchten die elkaar hebben opgevolgd. De allereerste burcht van Kuinre moet zijn gebouwd ergens tussen 1165 en 1197, maar hoe die eruit zag is niet bekend.

Heynric die Crane
Tegen het einde van de 12de eeuw was de heer van Kuinre 'Heynric die Crane', een ambtman van de bisschop van Utrecht die belast was met de toezicht op de ontginningen in het gebied.

In die tijd streden de bisschop van Utrecht en graaf Willem van Friesland om de macht in het gebied. Omdat Kuinre zich verzette tegen het gezag van Willem, liet deze een “borch” bouwen in Oosterzee van waaruit hij de burcht van Kuinre regelmatig aanviel. In 1197 werd de burcht verwoest en de heer van Kuinre werd verdreven.

Uiteindelijk kwamen Willem en de bisschop van Utrecht tot een verzoening en Heynric die Crane kreeg in 1204 zijn verwoeste burcht en zijn rechten terug. Hij liet een nieuwe burcht bouwen (de huidige ruïne). Deze burcht bestond uit een bakstenen ringmuur met spaarbogen, die gefundeerd waren op stiepen van hout. Omdat op een plek de fundering ontbreekt, wordt aangenomen dat daar een ondiep gefundeerd gebouw heeft gestaan, gemaakt van lichtere materialen dan de ringmuur. Rond de heuvel hebben waarschijnlijk zes grachten gelegen.

De Heren van Kuinre
De burcht van Kuinre was bedoeld als steunpunt voor de bisschop van Utrecht. Maar de heren van Kuinre, die de heerlijkheid in leen hielden van de bisschop, hebben zich al gauw gericht op een zelfstandige politiek.

De heren van Kuinre hadden een grote machtspositie: vanuit hun burcht controleerden ze de handelsroutes die van en naar de IJsselmonding liepen. Ook controleerden ze de rivieren de Kuinder of Tjonger en de Linde. Op deze handelswegen hebben de heren van Kuinre ongetwijfeld tol geheven.

In de 14e eeuw maakten de heren van Kuinre zich herhaaldelijk schuldig aan piraterij. Ze overvielen en plunderden de handelsschepen die op de Zuiderzee voeren. De besturen van vele Hanzesteden zoals Zwolle, Kampen, Deventer of Stavoren beklaagden zich vaak over hun misdragingen. Daarnaast deden de heren van Kuinre aan valsmunterij: ze sloegen munten die nabootsingen waren van munten van machtiger vorsten.

Het einde van de oude burcht
In de tweede helft van de 14de eeuw moesten de heren van Kuinre hun oude burcht opgeven: de vernatting en verzilting van de omgeving moeten hierbij een rol hebben gespeeld. De oude burcht werd rond 1378 vervangen door een nieuwe burcht (ook een mottekasteel) op de andere oever van de rivier de Kuinder of Tjonger.
 
Uiteindelijk verloren de heren van Kuinre hun machtspositie. De bisschop van Utrecht wilde zijn territoriale macht consolideren en daarvoor was het bezit van de burcht en van de heerlijkheid Kuinre van groot belang. In 1395 had hij tijdens een veldtocht al de opstandige heer van Coevorden op de knieën gedwongen, en nu was heer Herman van Kuinre wellicht bang om ook zo'n vernedering te moeten ondergaan: in 1407 verkocht Herman de heerlijkheid Kuinre aan de bisschop van Utrecht. De burcht werd in handen gegeven van een bisschoppelijke kastelein.

In de 15e eeuw rukte de Zuiderzee steeds verder op in noordoostelijke richting. Toen heeft de burcht veel schade opgelopen ten gevolge van stormen.

De burcht liep tijdens de Gelderse oorlogen waarschijnlijk nog meer schade op: tussen 1510 en 1527 werd het een aantal keer door de hertog van Gelre veroverd en telkens weer ontzet door de bisschop van Utrecht. Maar de bisschop van Utrecht was steeds niet in staat een einde te maken aan de Gelderse dreiging. Er werd een beroep gedaan op Karel V; deze wilde wel optreden op voorwaarde dat hij dan als landsheer van het Oversticht werd erkend.

Karel V was sinds 1515 al landsheer in Friesland en nu ook in het Oversticht: daardoor lag de burcht van Kuinre niet meer op de grens van twee gebieden met verschillende soevereinen, en verloor dus zijn strategische rol. Tussen 1531 en 1536 werd de burcht ontmanteld. Wat daarvan over was, is later opgeslokt door de Zuiderzee, net zoals de resten van de burcht uit 1204.

Vandaag de dag
In het kader van de toeristische ontwikkeling van het oostelijke deel van de Noordoostpolder heeft de Stichting Burcht(en) van Kuinre het project om de burcht(en) van Kuinre te herbouwen.

De ruïne van de burcht uit 1204 is vrij toegankelijk. Iets verder naar het noordoosten liggen de resten van de burcht uit 1378 nog onder de grond.