Via de familie van den Clooster komt het huis door huwelijk in bezit van de familie Mulert. Ten tijde van de Mulerts moet de Kranenburg een bijzonder groot huis zijn geweest, een gebouw van uitzonderlijke omvang voor Overijsselse begrippen. In 1580 werd het huis vernield door de terugtrekkende troepen van de graaf van Rennenberg. De graaf en zijn troepen had geprobeerd om de stad Zwolle weer onder Spaanse heerschappij te brengen, maar dit was mislukt. In 1626 komt een deel van het huis, door het huwelijk van Johanna Mulert en Unico van den Rutenberg tot Zuthem, in bezit van hun zoon Adolf van den Rutenberg tot Zuthem.

Na zijn dood kwam het in bezit van zijn oom Diederik van den Rutenberg tot Zuthem. Diederik was getrouwd met Anna Margaretha van der Recke. Zij heeft er in 1633 voor gezorgd dat ook het gedeelte dat van de erfgenamen van Ernst en Clara Mulert was in haar bezit kwam. Waarschijnlijk was het huis toen niet meer dan een ruine. De Zwolse schilder Gerhard ter Borch heeft in 1633 een aantal schetsen van deze ruïne vervaardigd.
Anna Margaretha van der Recke verkoopt in 1639 de Kranenburg aan Rutger van Haersolte. Of het huis toen herbouwd was is onduidelijk. Het goed werd in deze periode gepacht door de meiers Jacob Berentsen en Gerrit van Vilsteren. Dat er onder van Haersolte wel degelijk verbouwingen hebben plaatsgevonden blijkt uit het recht dat hij in 1646 kreeg om zijn havezate te vrijen in de belasting. Dit betekent dat er toen een huis moet hebben gestaan. In 1675 telde het huis negen haardsteden, waarvan er twee waren ingevallen en onbruikbaar waren. Opmerkelijk is dat er in 1682 nog maar zes haardsteden werden geteld. Mogelijk trad er dus verval op aan het huis. De familie van Haersolte bezit het huis tot 1716, waarna het verkocht wordt aan Rutger Andreas van Patkull tot Posendorf. In deze periode speelt ook het volksverhaal van de 'puella Transisalana', het zogenaamde 'Overijsselsch wicht'. Dit meisje had jarenlang de bossen rond de Kranenburg onveilig gemaakt totdat de boeren uit Berkum in 1771 haar op het spoor kwamen en de wilde deerne gevangen wisten te nemen. Door een advertentie kwam zij uiteindelijk weer bij haar moeder in Antwerpen terecht. Onder de familie van Patkull tot Posendorf werd het huis in 1729 getekend door Abraham de Haen. Hij beschreef het als 'een zeer pragtig nieuw opgemaekt gesticht'. In 1752 kwam het huis in bezit van Adolf Julius Borchard van Huffel tot Verborg die getrouwd was met een dochter van de schatrijke landrentmeester Abraham Gerard Vriesen. Of hij het huis heeft laten verbouwen is onduidelijk. Op een tekening van Cornelis van Noorde is het huis de Kranenburg afgebeeld als een groot statig huis met een dubbele trap ervoor en twee bouwhuizen. Dat hij genoeg geld had blijkt wel uit de aankoop van de Kranenburger stadsallee in 1758, maar nog meer uit de in 1753-55 door C. Verdonck vervaardigde schilderingen in de zaal, de door Baars en de Bont aangebrachte nieuwe ramen en de door J. van Beinum in 1755 aangelegde tuinen en park. Van Beinum ontving zelf 244 gulden, de rest werd betaald voor de levering van bomen en struiken aan diverse personen. In 1762 kwam het huis in bezit van de minderjarige familieverwant Frederik Lodewijk Christiaan van Rechteren Limpurg onder de voogdij van Hermanna Cornelia Vriesen.

Onder Van Rechteren Limpurg werd het goed getaxeerd, teneinde te komen tot een herstel 'van de bevonden defecten, so aan hoven, plantagiën, gragten, vijvers etc.' In 1758 werd de Kranenburg verkocht aan Gerhardus van Grol die het op zijn beurt in 1792 weer doorverkocht aan de patriot Jan Anthony Zwier van Isselmuden tot Paaslo. Zijn erfgenamen verkochten in 1810 het huis, bestaande uit een kapitaal huis met twee bouwhuizen, oranjerie, tuinmanswoning, twee hoven met trekkasten en broeibakken, bossen en groen- en bouwlanden, aan Gerardus Everardus Vos de Wael. Onder Vos de Wael werden twee tekeningen van het huis gemaakt; een schilderij van het huis met bouwhuizen van C.B. uit 1823 en een manuscriptkaart van C.T. van Sorgen van de Kranenburg en omliggende landerijen uit 1843. Onder zijn erfgenamen werd het huis in 1844 afgebroken.
Tegenwoordig ligt op de huisplaats de stadskwekerij en is het resterende deel van het landgoed ingericht als begraafplaats.

Van het huidige landgoed resteert nu nog één van de bouwhuizen. Het westelijke bouwhuis is na te zijn ingekort nog niet zo lang geleden afgebroken. Dichtbij het bouwhuis bevindt zich nog een steen afkomstig van de brug, die het jaartal 1819 draagt. In de jaren 80 is op de begraafplaats een waterput aangetroffen. Deze waterput met koepel was vervaardigd van putstenen van 19.5x4.5x11.5/8 en had een diameter van 1.10 m. In de koepel zaten bakstenen van 21x10x5.5 en gele stenen van 18x8x3. De waterput kan behoord hebben bij de oranjerie of een boerenerf dat tot het landgoed de Kranenburg behoorde. Tijdens opschoning van de huidige grachten die vroeger aanzienlijk breder zijn geweest werd een muur gezien. Deze muur lag ter hoogte van de plaats van de brug. Een nader onderzoek op de Kranenburg heeft niet plaatsgevonden. Op de kwekerij zijn als bemesting veel tonnen met beer gedumpt. Metaaldetectoronderzoek door verschillende lokale amateurs heeft veel vondsten opgeleverd. Onder de vondsten bevinden zich voornamelijk munten, lakenloden en andere voorwerpen.

Het is niet duidelijk of het huis de Kranenburg een echt kasteel is geweest. Onder een kasteel verstaan we een middeleeuws gebouw dat de functies verdedigbaarheid en bewoonbaarheid combineert, door het verschaffen van woonruimte en verdedigbaarheid aan een beperkte groep mensen variërend van een adellijke familie met een paar dienaren tot een kleine hofhouding en een militair garnizoen tot een maximum van ongeveer vijftig personen Janssen 1990, 219; Janssen 1992, 6-10.

In de historische bronnen wordt de Kranenburg voor het eerst in 1471 genoemd. Een moeilijkheidsfactor hierbij is dat rond 1450 het kasteel min of meer zijn militaire functie verloor. Dit werd veroorzaakt door de opkomst van kleiner, wendbaarder en sneller vurend geschut dat meer kracht, een groter bereik en grotere precisie had dan de oudere zwaardere kanonnen. Het nieuwe geschut met verstane termen als' Breckmuer' kon de muren van een gemiddeld kasteel in puin schieten. Fataler was echter de grote mobiliteit van de artillerie. De bouwers van kastelen reageerden op verschillende manieren op deze bedreigingen. Zo werden muren verzwaard, grotere torens gebouwd en flanken verkort. Ook werd gedacht aan de 'ideale' geometrische kasteelvorm, de cirkel. Al deze maatregelen werden getroffen door de landsheren die aan de top stonden van de sociale en financiële ladder. Ronde kasteelvormen zijn in Nederland nauwelijks toegepast, men greep terug op het oude vierhoekige kasteel met ronde hoektorens. Uit deze vorm ontwikkelde zich langzaam de artillerieforten die geen kastelen meer zijn omdat de functie wonen ontbreekt. Ook is geprobeerd om het kasteel te verdedigen door het opwerpen van aarden wallen voor het kasteel. Na 1450 werden door de kleine adel nauwelijks meer kastelen gebouwd. De huizen die alleen een woonfunctie hadden leken wel op een kasteel maar waren niet echt verdedigbaar meer. Men spreekt in de literatuur ook wel over coulissekastelen.

Wanneer het huis de Kranenburg ouder is dan 1471 dan kan het een aantal basisvormen hebben gehad. Het kan behoord hebben tot een woontoren, zaaltoren of compact zaaltorenkasteel. Woontorens komen voor in de periode 1250-1450, zaaltorens in periode 1250-1350 en compacte zaaltorenkastelen tussen 1350-1425. Mocht het kasteel van na 1450 dateren dan is het bijna zeker een omgracht adellijk huis of 'moated site'. Een moated site moet aan twee kenmerken voldoen: ten eerste moet er sprake zijn van een minstens 5 m brede gracht en ten tweede behoren er op het terrein daarbinnen voornamelijk onverdedigbare woongebouwen te hebben gestaan. Verdedigbare elementen als poortgebouwen, kantelen en schietgaten zijn alleen maar architecturale elementen en symbolen van rijkdom en macht.
Op de tekeningen uit 1633 is een L-vormig huis te zien met in de binnenhoek een traptoren, dit huis kan mogelijk ontstaan zijn uit een zaaltoren en later uitgebreid zijn met een tweede vleugel en traptoren, het zal dan dus gaan om een compact zaaltorenkasteel. Waarschijnlijker lijkt dat de Kranenburg gerekend moet worden tot een moated site. Nader archeologisch onderzoek is nodig om meer te kunnen zeggen over de typologie van het huis (kasteel?) de Kranenburg.

Voordat er wordt overgegaan tot een archeologisch onderzoek dienen eerst alle gegevens die beschikbaar zijn over het landgoed de Kranenburg geordend te worden. In de eerste plaats moet er een uitgebreid literatuuronderzoek plaatsvinden met aanvulling van historische gegevens. Verder zal geprobeerd moeten worden om de detectorvondsten die zijn gedaan in het gebied, te inventariseren. Veel detectoramateurs hebben op het landgoed Kranenburg vondsten gedaan. Een groot deel zal afkomstig zijn van stadsvuil, maar er kunnen ook voorwerpen bij zitten die in relatie staan met het huis.

Als voorbereidend archeologisch onderzoek kan een veldverkenning of landesaufname worden uitgevoerd op het terrein en dan in het bijzonder op de huisplaats zelf. Dit gebied zal dan in een grit moeten worden verdeeld en per vak zal het vondstmateriaal op een kaart moeten worden aangegeven. Niet alleen de scherven, maar ook fragmenten baksteen, dakpannen en lei. Het resultaat kan misschien concentraties puin of ander vondstmateriaal te zien geven die bruikbaar zijn voor het verdere onderzoek.

Het archeologisch onderzoek zal gericht moeten worden op de huisplaats. Of er op deze plek nog restanten en funderingen van het huis aanwezig zijn is de vraag. Is dit niet het geval dan kan het onderzoek naar de gracht van het huis uitkomst bieden. Uit onderzoek naar begraven hofsteden in het Delftland zijn enkele voorbeelden bekend waarvan de huisplaats zelf niets meer is teruggevonden, maar waarbij de grachten wel materiaal opleverden zodat er nog wel informatie over het huis verkregen kon worden. Bij de sloop van het huis kan de muur gewoon de gracht ingetrokken zijn en het overige puin van het huis in de gracht zijn geschoven. Ook het vondstmateriaal, als botten en scherven, uit de gracht kan interessante informatie opleveren. Uit Delftland is een voorbeeld bekend waarbij in de ene hoek van de gracht botmateriaal van wild en jong vee tevoorschijn kwam, terwijl in de andere hoek voornamelijk botten van oud vee is teruggevonden. Dit kan betekenen dat in de buurt van de hoek met wild en jong vee de heer met zijn familie woonde of verbleef en bij het andere gedeelte het dienstpersoneel.

Een belangrijk aspect bij het onderzoek naar de grachten van de Kranenburg is wel dat de grachten die tegenwoordig nog te traceren zijn waarschijnlijk behoren bij de 18de eeuwse aanleg van het huis. De oudere gracht kan volstrekt anders gelopen hebben. De merkwaardige ronde uitstulping aan de gracht bij de voorzijde van het huis kan een restant zijn van een oude gracht, maar kan ook een aangelegde vijver zijn die in verbinding stond met een zogenaamd 'grand canal'. Verder kan bij de aanleg van de 18de eeuwse gracht gebruik zijn gemaakt van de oudere gracht. Een onderzoek naar mogelijk oudere gedempte grachten zal moeten plaatsvinden met de hulp van boringen en proefsleuven. Als een gedeelte van een gracht wordt gevonden zal de grachtvulling gezeefd moeten worden.

Andere belangrijke aspecten van archeologisch onderzoek van de Kranenburg kunnen bijvoorbeeld de tuin en parkaanleg zijn. Wanneer het terrein niet diep omgewerkt is kan mogelijk nog iets van de tuinaanleg teruggevonden worden. Met name de paden kunnen als verkleuringen of door hun dek van bijvoorbeeld grind bewaard zijn gebleven. Tijdens de restauratie van paleis het Loo in Apeldoorn is ook een onderzoek naar de tuinaanleg verricht. Hierbij zijn interessante resultaten geboekt die geleid hebben tot een reconstructie van de oorspronkelijke tuinaanleg.
Op de kadastrale kaart uit 1832 staan twee boerenerven; de boerderij 'de Smit' en een niet nader genoemd erf. Na metingen is gebleken dat de boerderij 'de Smit' onder de A28 ligt. Bij de metingen is ervan uitgegaan dat de Kranenburgweg nog op de oorspronkelijke plaats ligt. De weg is weliswaar veranderd, doordat er een nieuwe rijbaan naast ligt, maar de oude weg is nog steeds te herkennen aan de eiken aan weerszijden. De oude weg doet nu dienst als fietspad. Een onderzoek naar 'de Smit' zal waarschijnlijk weinig opleveren. Wel bestaat er een kleine kans dat er een put of bijgebouw, bijvoorbeeld een bakhuisje, dat meestal op het erf ligt, wordt teruggevonden.

1471 - Reinold van den Clooster
Reinold van den Clooster was een zoon van Cyse van den Clooster en Lutgert Campherbeek. Lutgert was een zuster van de in de lijst in 1471 genoemde Dirk Campherbeek.Reinold was kastelein van de havezate de Slingeborch en wordt genoemd in de periode 1461-1481.

1529 - Gedeelte van Lubbert Mulert Lubbert
Mulert was getrouwd met de dochter van Reinold van den Clooster, Johanna van den Clooster. Lubbert was afkomstig uit Hasselt en was in 1529 schout van Hasselt.
Gedeelte van Johan van Steenwyck
Johan van Steenwyck was getrouwd met de dochter van Reinold van den Clooster, Lutgerd van den Clooster.

1542 - Gedeelte familie Mulert
Gedeelte Johan van Steenwyck Johanszoon ter Grote Scheer
Johan van Steenwyck Johanszoon ter Grote Scheer was getrouwd met Johanna van Dorth.

1542 - Gedeelte familie Mulert
Gedeelte Johan Mulert Lubbertszoon
Johan Mulert verscheen in 1535-1560 als riddermatige op de landdag. Hij was getrouwd met Clara van Cuylenburg (+1597 te Kampen). Johan overleed in 1562.

1562 - Lubbert, Dirk en Johanna Mulert
Lubbert, Dirk en Johanna Mulert zijn de kinderen van Johan Mulert en Clara van Cuylenburg. De oudste zoon Lubbert was overste-luitenant van de graaf van Bronckhorst in 1584. Hij was alleen in 1579 als riddermatige op de landdag verschreven. Lubbert Mulert was getrouwd met Catharina van Tecklenburg. De tweede zoon Dirk Mulert was kanunnik van de Dom in utrecht. Hij had een dochter Clara Mulert die trouwde met Ernst Mulert op den Ordel.

1565 - Aandeel van Lubbert Mulert naar zuster Johanna Mulert
Johanna Mulert was getrouwd met de Oostfriese edelman Hoyko Manninga tot Pewsum. Zij hadden het goed Staverden op de Veluwe gekocht. Na de dood van Manninga hertrouwde zij in 1570 met Gabriël de Salazar. Johanna overleed in 1609.
Aandeel Dirk Mulert.

1609 - Johanna Mulert
Johanna Mulert was de dochter van de in 1562 genoemde Lubbert Mulert. Zij was in 1592 getrouwd met Unico van den Rutenberg tot Zuthem. Unico was in 1610 in de Ridderschap van Overijssel verschreven en vanaf 1611 drost van IJsselmuiden. Unico overleed in 1622 en zijn weduwe Johanna in 1626.
Aandeel Dirk Mulert of nakomelingen.

1626 - Adolf van den Rutenberg tot Zuthem
Adolf van den Rutenberg tot Zuthem was in 1619 getrouwd met Willemina van Bronckhorst. Adolf was de zoon van Johanna Mulert en Unico van den Rutenberg tot Zuthem. Adolf stierf in 1629. Zijn weduwe Willemina woonde tot 1632 op de Hof van Suythem in de Praubstraat. In 1632 hertrouwt zij met Bernhard van den Bongard, heer van Nijenrode.
Aandeel Dirk Mulert of nakomelingen.

1629 - Diederik van den Rutenberg tot Zuthem
Diederik van den Rutenberg tot Zuthem was een oom van de in 1626 genoemde Adolf. Hij was getrouwd met Anna Margaretha van der Recke in 1604. In 1629 overleed Diederik.
Aandeel Dirk Mulert of nakomelingen.

1629 - Anna Margaretha van der Recke
Aandeel Dirk Mulert of nakomelingen.

1633 - Anna Margaretha van der Recke bezit nu hele huis
Anna Margaretha van der Recke sluit een accoord met Ernst Mulert op den Ordel en zijn vrouw Clara Mulert. Clara Mulert was een dochter van de in 1562 genoemde Dirk Mulert.

1639 - Rutger van Haersolte
Rutger van Haersolte was aanvankelijk burgemeester van Zwolle en later sinds 1638 hoogschout van Hasselt. Hij was in 1616 getrouwd met Jelle van Lawick. Hij overleed in 1673.

1673 - Christina van Haersolte
Christina van Haersolte was een dochter van de in 1639 genoemde Rutger van Haersolte. Zij was getrouwd met Arend van Haersolte, commandeur van Zwolle.

1676 - Johan van Haersolte
Johan van Haersolte was de zoon van Christina van Haersolte en Arend van Haersolte en werd in 1676 vanwege de Kranenburg toegelaten tot de Ridderschap. Johan was in 1675 kapitein en krijgsgevangen in Frankrijk. Hij was toen weduwnaar van Mechteld Hendrina Woltera Martensen (+1670). In 1676 trouwt Johan met Anna Sickinghe. In 1688 en 1701 was hij ambassadeur aan de hoven van koningen van Zweden en Polen. Johan van Haersolte overleed in 1716 aan het hof in Dresden.

1716 - Anna Sickinghe en Christina Henriëtta van Haersolte
Christina Henriëtta van Haersolte was de dochter van Johan van Haersolte en Anna Sickinghe.

1717 - Rutger Andreas van Patkull tot Posendorf
Rutger Andreas van Patkull tot Posendorf was eerst burgemeester van Kampen en later landrentmeester van Twente. Hij was getrouwd met Arnoldina Maria van Lintelo. Hij was in 1771 en 1719 afgewezen als riddermatige vanwege zijn functie als landrentmeester.

1734 - Ernst Gustaaf Reinholt van Patkull tot Posendorf
Ernst Gustaaf Reinholt van Patkull tot Posendorf was een zoon van Rutger Andreas van Patkull tot Posendorf. In 1734 werd hij als riddermatige op de landdag verschreven. Hij was kapitein in het leger. Hij stelde in 1745 de havezate als onderpand wegens een lening.
Bewoond door Anna Lucia van Patkull tot Posendorf .
Anna Lucia van Patkull tot Posendorf was een zuster van Gustaaf Reinholt van Patkull tot Posendorf.

1752 - Erfgenamen Ernst Gustaaf Reinholt van Patkull tot Posendorf.

1752 -
Adolf Julius Borchard van Huffel tot Verborg
Adolf Julius Borchard van Huffel tot Verborg was een zoon van Judith Aleid van Rechteren en Frederik Jan van Huffel. Van zijn moeder had hij havezate Verborg geërfd. In 1746 was hij drost van Salland en woonde op Langeveldslo onder Wijhe. Hij was getrouwd met Cornelia Maria de Jonge van Ellemeet en hertrouwde in 1755 met Hermanna Cornelia Vriesen. Zij was dochter van de schatrijke landrentmeester van Vollenhove Abraham Gerard Vriesen. In 1758 kocht Adolf Julius Borchard van Huffel tot Verborg van de stad de Kranenburger stadsallée. Hij was verder gecommitteerde van de Staten-Generaal en overleed in 1762 in Den Haag.

1762 - Frederik Lodewijk Christiaan van Rechteren Limpurg
Onder voogdij van Hermanna Cornelia Vriesen
Na huwelijk met Adolf Julius Borchard van Huffel tot Verborg hertrouwt in 1775 met Louis Sophie Letellier, markies van Souvré en Louvois. Zij overleed in 1781.

1781 - Frederik Lodewijk van Rechteren Limpurg.

1787 - Gerhardus van Grol.
Gerhardus van Grol was getrouwd met Catharina Geertruida Breton.

1792 - Jan Anthony Zwier van Isselmuden tot Paaslo.

1810 - Erfgenamen Jan Anthony Zwier van Isselmuden tot Paaslo.

1810 - Gerardus Everardus Vos de Wael.
Gerardus Everardus Vos de Wael was burgemeester van Zwolle en lid van de Provinciale Staten van Overijssel.

1844 - Huis afgebroken onder erfgenamen van Gerardus Everardus Vos de Wael.

1926 - Gemeente Zwolle; ingericht als begraafplaats en stadskwekerij.